这位朋友你好，看到你这个问题，我思考了一下，理出了个思路，认真地作一个回答，希望能切切实实地帮助到你。
首先，从你的问题看，我感觉你为这次旅行准备了充足的时间，也一定有了充足的物质基础，毕竟按这条线路走下来，时间长，路途也远，何况还有路上不可预知的困难。但愿你不是随便说说，却没有做好充分的准备。
其次，对一个真正的旅行者来讲，这条线路选择是合理的。我的看法是，比反走从新疆到西藏好，因为那样从海拔相对较低的新疆一天突然攀升到西藏阿里，一般人都适应不了高原，很可能产生严重的高反，影响旅行质量。从西藏到新疆，已经在西藏适应了高原，从海拔高到海拔低，比较理想。
再者，这条线路过于漫长，要有克服重重困难的心理准备和物资储备。
当然，我还有个建议，要认真考虑好出行的时间。如果是这个月出发，去西藏已没问题，最好下个月动身，沿路春色春光春花，是比较理想的时间。但新疆，这个时间比较好的地方是叶尔羌河谷和伊犁山地的花。下个月后到伊犁，那拉提、唐布拉、布尔德宁以及昭苏的油菜都次第绽放，但若去北疆的喀纳斯，宜于秋季，再晚点，十月份，则是轮台等塔里木河沿岸的胡杨盛装时期。新疆太大，一个季节总是不尽兴的。
说这些，是为了让你看到最美的风景。我一直的看法，旅行，一定要在对的时间与对的人去对的地方，那才不枉走一趟。
好了，好像扯远了，还是有针对性地回答你的问题，提供一份比较完整的线路攻略。
既然你说到从西藏走新藏线去新疆，那我们就从拉萨开始。
可以走两条线从拉萨经阿里出西藏去新疆，一条南线，一条北线。南线走日喀则、拉孜、萨嘎、仲巴到阿里，中间可选择去看珠峰和拐去札达看土林及古格王朝遗址，路上则可欣赏高原风光，看玛旁雍错拉昂错纳木纳尼峰冈仁波齐峰等。北线先走青藏线到那曲左拐进大北线（这样可以不必交门票钱走纳木错，当然如果要去看纳木错，则直接从当雄拐进去），然后经班戈、尼玛、改则、革吉到阿里，这条线路已全程柏油，而且一路可见无数高原湖泊和野生动物，值得一走。
从阿里北上，最好中途在泉水沟或三十营房休息一晚，路上不仅赶路，高原的景色也不可错过，比如班公湖和各个达坂。
到叶城后，建议往喀什走。如果车况好，可以从莎车走塔莎古道直接去塔什库尔干，感受帕米尔高原风貌，然后从塔县去喀什。路上不可错过冰山之父慕士塔格峰和白沙湖，如果有可能（开通放行的话），一定要去世界海拔最高口岸红其拉甫。
喀什一定要去老城，建议去一下阿图什天门。然后从喀什到库车，路上可拐去看温宿大峡谷。
从库车走独库公路往北（路上要去看大峡谷）住巴音布鲁克。再从那拉提去昭苏，路上根据自己的时间，库尔德宁、八卦城都可停停。
从昭苏经伊宁后去国门霍尔果斯，然后经果子沟住在赛里木湖。
从赛里木湖经独山子去克拉玛依，再从克拉玛依（中间看魔鬼城）去喀纳斯。时间允许，不可忽略禾木村和白哈巴村。
回程，走东线，走卡拉麦里自然保护区，幸运的话可看到世界上惟一的野马普氏野马。路上想去看五彩城，赶到天池下住宿。
乌鲁木齐休整，然后可选两条路回内地。一是从吐鲁番往南走库尔勒、若羌出新疆，经花土沟、德令哈往青海湖方向，或花土沟、格尔木、香日德、花石峡、玛沁、久治到四川方向。
二是从吐鲁番往东经哈密、瓜洲（可去敦煌）、嘉峪关方向回内地。
说实在话，想一次走遍新疆确实不容易，要花很长时间。我这个线路走向还没有把沙漠公路设计进去，若想走，可从库尔勒到轮台，穿越沙漠公路到民丰，然后再往东到若羌，再往东南出新疆。
我去过新疆多次，每一次也最多走半个新疆，当然主要也是选最好的时间看最美的风景。这个线路是我多年的积累，希望对你有所参考。
如果还有什么需要帮助，希望联系我，我会尽最大能力想帮。
再次希望你旅途顺利。
也希望旅友们跟我交流，关注我的回答，不对的地方，请指正。
